一番の問題は設置場所と金だと思います。
まず、シェルターを設置すると言っても、どれほどの収容人数で、どれほどの期間、中で生存が可能なのか？
収容人数が増えれば、それだけ大きな規模の施設になります。
第二次大戦の頃のような、一時的に空襲からの爆撃だけを凌げれば良いわけではないので、それこそ核に対するシェルターともなれば莫大な設備になります。

また、自衛隊の敷地に関しては、司令部や補給処、基地、病院などの拠点的な重要施設以外はあまり意味がないのです。
陸上部隊の駐屯地は、有事の際には主力部隊が出動して、駐屯地は最低の部隊だけ残して空になってしまうので…

民間用の核シェルター…
災害時の避難所としても使えるのであれば便利なんでしょうけれど
建造費と維持費で莫大な費用が掛かりますよ？
単に避難スペースがあるだけ…というのであっても、土地代と維持費が掛かります
屋根がある建物となれば言うまでもなく、電気や水道、トイレなども必要ですし
そして核に対応できる放射線やEMP、熱線、爆風に耐えて遮断するような外殻の建物
電気は非常電源や発電の設備、水道は放射線などに汚染されないような設備、空調も汚染から守れるようなフィルター完備が必要となります。
核に対するのであれば、汚染レベルが安全なレベルに下がるまで核シェルター生活になります。
その分の食糧などの備蓄も必要になります。
そして、それらは日頃から利用や使用されていれば良いのですが
有事の備えとして設置するとなると、維持管理だけでも気が遠くなるような予算が必要になります。

・・・なかなか難しいんですよ

それならば、飛んでくるミサイルや、侵略してくる敵軍を防いで追い返せれば良い…ということになりますが…
それすらも、配備も予算や技術的な問題など山積みらしく…。　
理想と現実では・・・ってやつですね。

まあ、昔、地対空部隊（中距離SAM）にいたこともある経験から意見するならば
日本は防空に対する意識が低いと思います。
例えば、陣地に攻めてくる攻撃ヘリなどに対して、重機関銃だけで対抗するのがデフォルトだったりする有様でしたので…。
（短距離SAMや近距離SAMなどの部隊は数も少なく、比較的前線の方に配備されるので、中距離SAMの近くにはいない想定が多かった記憶）
せめて、携帯SAMくらい配備しろよ！と常々思ったものです。

※携帯SAMというのは、地対空誘導弾の携帯型発射器のことです

で、退避壕ですが
以前から退避壕という概念は当然あります
それを自衛隊敷地の中に常設するかどうか？というのが別問題なわけで
また、重要施設の退避壕などは、一般に存在を漏らさないことが多いのです。
理由は・・・分かりますよね？

シェルター大賛成ですね

各駐屯地にもっと作るべきだと思います

爆風は地表に沿ってやってくるので、もし間に合えば溝川や水路で身を屈める位しか間に合わないから❓️